Software Engineer Genetica

Computable.nl
Nijmegen € 3.724 - € 5.867 per maand Radboudumc
Als softwareontwikkelaar ben jij verantwoordelijk voor de software-infrastructuur die automatische aansturing, dataverwerking en data-interpretatie ondersteunt. In het bijzonder de uitwisseling van gegevens via koppelingen met het ziekenhuisbrede EPD en eigen systemen binnen ons laboratorium.
De sectie Genoomdiagnostiek van de afdeling Genetica in het Radboudumc ambieert om voorop te blijven lopen op het gebied van genetische patiëntendiagnostiek. Hierbij worden de laatste technieken binnen het vakgebied van de genetica ingezet. We werken met de nieuwste technologieën om DNA te onderzoeken: van moderne methoden om DNA uit te lezen tot slimme algoritmes voor het opsporen van genetische varianten en software die helpt bij de interpretatie daarvan. Als software engineer speel jij hierin een belangrijke rol.
Onze processen zijn sterk geautomatiseerd; zowel in het natte lab (aansturing pipeteer-robots) als in het analyseren van grote hoeveelheden data (bioinformatica) en de interpretatie van de resultaten. Dagelijks verwerken wij rond de 150 DNA-samples met behulp van meerdere moderne onderzoeksmethoden.
Dit geautomatiseerde proces genereert grote hoeveelheden data (tot ~1TB per DNA-sample). De systemen verwerken informatie uit meerdere bronnen, sturen laboratoriumapparatuur aan en moeten zeer stabiel en efficiënt draaien. We gebruiken daarbij een mix van standaardsoftware, specifiek geconfigureerde pakketten en zelfontwikkelde toepassingen. De infrastructuur moet daarom flexibel, schaalbaar én betrouwbaar zijn, passend bij de hoge eisen van patiëntenzorg.
Onze ontwikkelstack omvat Java, Spring en Vaadin en qua tools werken we met Atlassian, GitHub en Slack. Dit alles draait op een groot HPC (6PB met 1448 cores). De benodigde informatie voor de uitvoering van deze processen bevindt zich in verschillende systemen, waarbij de gegevensuitwisseling geüniformeerd moet worde...